Fast surveillance response reveals the introduction of a new yellow fever virus sub-lineage in 2021, in Minas Gerais, Brazil

BACKGROUND In Brazil, the yellow fever virus (YFV) is maintained in a sylvatic cycle involving wild mosquitoes and non-human primates (NHPs). The virus is endemic to the Amazon region; however, waves of epidemic expansion reaching other Brazilian states sporadically occur, eventually causing spillovers to humans. OBJECTIVES To report a surveillance effort that led to the first confirmation of YFV in NHPs in the state of Minas Gerais (MG), Southeast region, in 2021. METHODS A surveillance network was created, encompassing the technology of smartphone applications and coordinated actions of several research institutions and health services to monitor and investigate NHP epizootics. FINDINGS When alerts were spread through the network, samples from NHPs were collected and YFV infection confirmed by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and genome sequencing at an interval of only 10 days. Near-complete genomes were generated using the Nanopore MinION sequencer. Phylogenetic analysis indicated that viral genomes were related to the South American genotype I, clustering with a genome detected in the Amazon region (state of Pará) in 2017, named YFVPA/MG sub-lineage. Fast YFV confirmation potentialised vaccination campaigns. MAIN CONCLUSIONS A new YFV introduction was detected in MG 6 years after the beginning of the major outbreak reported in the state (2015-2018). The YFV strain was not related to the sub-lineages previously reported in MG. No human cases have been reported, suggesting the importance of coordinated surveillance of NHPs using available technologies and supporting laboratories to ensure a quick response and implementation of contingency measures to avoid YFV spillover to humans.

Clinical and epidemiological use of nested PCR targeting the repetitive element IS1111 associated with the transposase gene from Coxiella burnetii

ABSTRACT Q fever is a worldwide zoonosis caused by Coxiella burnetii—a small obligate intracellular Gram-negative bacterium found in a variety of animals. It is transmitted to humans by inhalation of contaminated aerosols from urine, feces, milk, amniotic fluid, placenta, abortion products, wool, and rarely by ingestion of raw milk from infected animals. Nested PCR can improve the sensitivity and specificity of testing while offering a suitable amplicon size for sequencing. Serial dilutions were performed tenfold to test the limit of detection, and the result was 10× detection of C. burnetti DNA with internal nested PCR primers relative to trans-PCR. Different biological samples were tested and identified only in nested PCR. This demonstrates the efficiency and effectiveness of the primers. Of the 19 samples, which amplify the partial sequence of C. burnetii, 12 were positive by conventional PCR and nested PCR. Seven samples—five spleen tissue samples from rodents and two tick samples—were only positive in nested PCR. With these new internal primers for trans-PCR, we demonstrate that our nested PCR assay for C. burnetii can achieve better results than conventional PCR.

Estudo da febre Q em seres humanos, animais domésticos e artrópodes em uma área no Município de Itaboraí, Rio de Janeiro / Study of Q fever in humans, domestic animals and arthropods in an area in the municipality of Itaboraí, Rio de Janeiro

Febre Q é uma zoonose cosmopolita causada por Coxiella burnetii, pequena bactéria intracelular obrigatória gram-negativa e pleomórfica da ordem Legionellales. A doença, que ocorre como pequenos surtos ou como casos isolados, tem amplo espectro de manifestações clínicas, desde uma doença febril limitada, pneumonia, hepatite a endocardite e meningoencefalite. Carrapatos, animais de fazenda, domésticos e selvagens são reservatórios da infecção. A transmissão para o homem ocorre por inalação de aerossóis provenientes de urina, fezes, leite e produtos de abortamento ou menos comumente pela ingestão de leite cru de animais infectados. No Brasil, desde a primeira descrição de febre Q em 1953, em São Paulo, todos os casos têm sido identificados com base em teste sorológico e os poucos estudos soroepidemiológicos em população de risco apontam para a circulação de C. burnetii. Em 2008 foi possível confirmar um caso de febre Q em um paciente, a partir de análise sorológica e molecular. Com o objetivo de rastrear um foco de infecção por C. burnetii, um estudo epidemiológico descritivo foi desenvolvido na área de ocorrência do primeiro caso no Brasil de febre Q confirmado, em 2008, por análise molecular, no Município de Itaboraí, Rio de Janeiro. Análises sorológicas e moleculares foram realizadas em amostras biológicas de familiares e de cães, gatos, cabras e equinos existentes na área estudada, em 2009. Amostras de soro foram submetidas ao teste comercial de imunofluorescência indireta (PANBIOTM), título de corte de 64, para a pesquisa de anticorpo anti-C. burnetii, fases I e II. Amostras de sangue dos familiares e dos animais, assim como de leite, fezes e de secreção nasal, vaginal, além dos artrópodes, coletados nos animais, foram submetidas à PCR (reação em cadeia da polimerase) para a presença da bactéria, utilizando oligonucleotídeos para o gene alvo htpAB. Reatividade foi identificada em amostras de soro da esposa, de 2 dos 13 caninos, 05 de 10 caprinos e 02 das 03 ovinos. O genoma foi recuperado em amostra de sangue e/ou leite ou swab anal de 02 cães e 06 cabras. O sequenciamento dos produtos de PCR amplificados, do soro dos cães e do leite das cabras, mostraram identidade de 99 por cento para as sequências depositadas no GenBank. Embora não seja uma doença de notificação, os dados obtidos confirmam a circulação deste agente zoonótico e servem de alerta para a necessidade de vigilância epidemiológica da febre Q, em especial em Itaboraí, devido, entre outros fatores, ao crescente desmatamento com ocupação de vastas áreas e da criação, informal e de caráter familiar, de cabras leiteiras por pequenos proprietários nas diversas áreas do território nacional.

Febre do viajante associada com adenite cervical e sororreatividade para Bartonella sp em paciente brasileira, após retorno da África do Sul / Traveler's fever associated with cervical adenomegaly and antibodies for Bartonella sp in a Brazilian patient returning from South Africa

Um grande número de viajantes visita anualmente, por estudo, turismo ou trabalho o continente africano. Um caso de adenomegalia cervical e hepatoesplenomegalia associado à febre de duas semanas de duração com teste sorológico positivo para Bartonella sp em uma paciente de 22 anos do sexo feminino que retornou da África do Sul após realização de trabalho de campo com primatas em área silvestre é apresentado.

A large number of travelers visit the African continent annually for studying, tourism or business reasons. The authors report a case of cervical adenomegaly, hepatomegaly and splenomegaly associated with a two-week history of fever and seropositivity for Bartonella sp in a 22-year-old female patient who returned from South Africa after field work with primates in a wild area.